Prefektura Generalna pełni funkcję rządu Państwa Kościelnego Rotria.
Na jego czele stoi Prefekt Generalny, który powoływany i odwoływany jest przez Patriarchę. Prefektura Generalna odpowiada za politykę wewnętrzną i zewnętrzną państwa. Prefektura pełni władze wykonawczą. W skład Prefektury Generalnej wchodzą następujące prefektury:
- Prefektura Spraw Zagranicznych,
- Prefektura Kultury,
- Prefektura Skarbu.